La Ley del ISR, establece límites para los pagos en efectivo, en su artículo 27, fracción III:

III. Estar amparadas con un comprobante fiscal y que los pagos cuyo monto exceda
de $2,000.00 se efectúen mediante transferencia electrónica de fondos desde cuentas
abiertas a nombre del contribuyente en instituciones que componen el sistema
financiero y las entidades que para tal efecto autorice el Banco de México; cheque
nominativo de la cuenta del contribuyente, tarjeta de crédito, de débito, de servicios, o
los denominados monederos electrónicos autorizados por el Servicio de
Administración Tributaria.

En el caso de AGAPES aplica la siguiente facilidad administrativa:

En este caso, no aplica el mismo límite, dado que si el monto es inferior a 5,000 pesos en el mes y sea pagado a una misma persona, no hará falta usar los medios electrónicos ni cheque. El fundamento está en el punto 1.8 de la Resolución de Facilidades Administrativas 2014, y que sigue vigente para 2018 y que podemos ver debajo:

Las personas físicas o morales que efectúen pagos a contribuyentes dedicados exclusivamente a actividades agrícolas, silvícolas, ganaderas o pesqueras, cuyo monto no exceda de $5,000.00 a una misma persona en un mismo mes de calendario, estarán relevadas de efectuarlos con cheque nominativo del contribuyente, tarjeta de crédito, de débito o de servicios, o a través de los monederos electrónicos que al efecto autorice el SAT.

Pero nos limita en el pago de combustibles:

Pago de combustibles
Tratándose de la adquisición de combustibles para vehículos marítimos, aéreos y
terrestres, el pago deberá efectuarse con cheque, monedero, transferencia, tarjeta débito o crédito, aun cuando la contraprestación de dichas adquisiciones no exceda de $2,000.00.

Aún así nos da ciertas facilidades en los siguientes casos: